根據《民法典》第一千零五十八條之規定：夫妻雙方平等享有對未成年子女撫養、教育和保護的權利，共同承擔對未成年子女撫養、教育和保護的義務。也就是說，夫妻雙方對未成年子女享有平等的撫養監護權利。
那么，在夫妻雙方雖處于婚姻關系存續期間，但已實際分居兩地的特殊情況下，子女的監護權該如何處理？
1、協商處理：若夫妻雙方能夠在平等、尊重的基礎上，就分居期間子女的撫養監護事宜達成一致意見，將是解決子女監護權問題的最理想方式。
2、訴訟處理：若協商不成的，則可以通過訴訟解決。雖然現行法律和司法解釋對于婚內監護權的行使并沒有明確具體規定，但在司法實踐中，人民法院考慮到夫妻雙方正處于矛盾較易激化的分居狀態，為最大限度保護未成年子女的利益，一般會先參照適用民法典關于離婚后子女撫養的有關規定，暫時確定未成年子女的撫養事宜，并明確暫時直接撫養未成年子女的一方有協助對方履行監護職責的義務。